宫外孕大多是由于输卵管阻塞，阻碍受精卵通过子宫，使其停留在输卵管内着床发育，于是受精卵在输卵管上形成宫外孕。

输卵管炎症、输卵管发育不良或功能异常、宫内节育器避孕失败等疾病因素和不良生活习惯都会增加女性宫外孕的风险。曾有过宫外孕经历，如果孕妇在怀第一胎时曾有过宫外孕经历，那么怀第二胎时也有可能发生宫外孕。

在输卵管上或附近做过手术。手术后可能会留下疤痕，妨碍输卵管运送受精卵。输卵管复通手术或输卵管结扎失败也会增加宫外孕的几率。

患有输卵管炎和盆腔炎。输卵管炎分为输卵管粘膜炎和输卵管周围炎。输卵管炎会导致输卵管堵塞、输卵管扭曲、管腔狭窄、管壁肌肉蠕动减弱，影响受精卵的输送。

子宫内膜异位症（子宫 endometriosis），指腹腔内远离子宫的其他部位的子宫内皮组织增生。